[Es posible que hayan spoilers para quien no se ha visto todo el anime] Después de casi dos años, Conan por fin logró descubrir suficiente información sobre la Organización como para informar al FBI y utilizarlos de pantalla para su ataque. La mayor parte del plan fue exitosa, pero antes de poder capturarlos, el jefe prefirió morir en lugar de ser capturado, arrastrando a toda la Organización junto a él. Toda la base ardió en llamas, y el FBI solo pudo asumir que todos los integrantes, o al menos la gran mayoría, murieron en la explosión. Pero Shinichi más que nadie sabe que se puede fingir la muerte aún en los más improbables de los casos. Para su gran suerte, antes de que todo el desastre ocurriera, Bourbon lo ayudó a conseguir la APTX-4869. Luego de varios experimentos, Ai logró crear el antídoto. Pero gracias a todos los intentos de Conan en los que trataba de volver a su anterior cuerpo, un efecto secundario salió a la luz. Cada vez que está con mucha fiebre o se altera demasiado, un dolor indescriptible aparece en su pecho, justo el mismo que sentía cuando se transformaba. Ya en su antiguo cuerpo, Shinichi regresa con Ran y trata lo mejor que puede de compensar el tiempo que no se han visto como ellos mismos, pero Ran necesita un poco de tiempo para perdonarlo por completo.