18 anos: conteúdo exclusivamente destinado a adultos, sendo possível veicular apologia à violência e crueldade, sexo explícito, situação sexual complexa ou de forte impacto, e apologia ao uso de droga ilícita. A história começa alguns meses após os eventos do jogo original. O jogador é apresentado a um novo personagem, um estudante chamado Akira, que transferiu-se para a escola devido a problemas de comportamento em sua escola anterior. Ele é atraído para o clube de literatura e rapidamente se torna amigo dos membros restantes: Sayori, Yuri, Monika e Natsuki. À medida que o jogador interage com os personagens, ele descobre que algo está errado. Sayori, que parecia estar feliz e animada, agora parece estar constantemente deprimida e ansiosa. Yuri, que costumava ser tímida e reservada, agora é mais agressiva e obcecada com Akira. Natsuki, que costumava ser enérgica e extrovertida, agora é silenciosa e retraída. Conforme o jogador explora mais a história, ele descobre que Monika, a líder do clube de literatura no jogo original, ainda está viva e tentando se vingar dos membros restantes do clube por terem sido "esquecidos" por ela. Ela criou um novo jogo, chamado "Doki Doki Literature Club: O Retorno", que é uma versão mais intensa e perturbadora do original. Conclusão: À medida que o jogador avança no jogo, ele é confrontado com cenas cada vez mais perturbadoras. Os personagens sofrem torturas mentais e físicas, e o jogador é forçado a tomar decisões morais difíceis que afetam o destino de cada personagem. No final, o jogador descobre que tudo foi uma simulação criada por Monika para se vingar dos membros restantes do clube de literatura. O jogo termina com Monika rindo maniacamente enquanto o mundo digital ao seu redor se desintegra.