Le dirigeable du colonel Muska, détenant la jeune Sheeta, se fit attaqué par des pirates, Sheeta sauta dans le vide en tentant de leur échapper. Elle est sauvée in extrémiste par Pazu, un jeune travailleur dans une cité minière. Les pirates et l'armée de Muska leurs donnent la chasse pour récupérer la pierre bleue. Au terme d'une course-poursuite effrénée, Sheeta se confie à Pazu, lui avouant qu'elle est la descendante des souverains de Laputa, la cité mythique située dans les airs. Elle est par conséquent la seule détentrice du secret de Laputa que le chef des armées, le cruel Muska, cherche à percer...