Sudah lama semenjak Haibara Ai dan Edogawa Conan bertemu. Belum ada perkembangan tentang BO. Mareka selalu berpindah markas hingga sulit dilacak. Sementara itu Haibara Ai belum menemukan komponen lengkap antidot, membuat kedua remaja itu masih dalam wujud anak - anak. Disisi lain. Ada sesuatu dengan Amuro Tooru. Anggota PSB yang menyusup di Black Organisation, berpindah haluan dari tugas yang dititah padanya. Sementara itu Ran merasa cemburu karena Conan semakin perhatian terhadap Ai, meski aneh dan lucu. tapi itu yang dia rasakan. Banyak hal terjadi yang merubah segala perspektif seseorang.