À l'heure où se déchaînent Pokémon Légendaires et organisations malfaisantes sur la région de Sinnoh, le Mew Doré se réveille enfin. Aucune légende ne compte sa venue, mais il serait le sauveur, aussi puissant qu'Arceus, paraît-il. Mais cette fois, il a besoin de plus de personnes, des personnes qui connaîtraient bien mieux le monde de Pokémon. Un monde parallèle à celui de Pokémon existe, et les humains de ce monde connaissent sur le bout des doigts les Pokémon. C'est donc grâce à ses puissants pouvoirs qu'il invoquera deux dresseurs hors du commun, et les invitera à se battre à ses côtés.