Au début des années 2000, dans une école de Tokyo, Eikichi Onizuka, professeur d'éducation civique malgré lui, accueille une nouvelle élève dans la classe 3-4.
Cependant, ils semblent déjà se connaître.
Les doutes autour de cette relation floue sont nombreux pour ses élèves les plus proches : la seule chose à faire est alors de prendre contact avec cette fille.
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