Ahora que Nene y Lelouch han sobrevivido a la batalla que tuvo lugar en el sacro imperio de Britannia, ambos deben intentar superar todo lo ocurrido en aquella aventura donde surgió su amor. Para Lelouch es dificil adaptarse al estilo de vida al que su querida Idol está tan acostumbrada, eso sin contar lo incomodo que se vuelve el repentino interés que Tagiru Akashi, el único sobreviviente de la batalla, parece tener por la pequeña Nunally. Pero cuando todo parece estar saliendo de acuerdo al plan, algo ocurre.
Nene y Lelouch son enviados al Mundo Digital, donde deberán cumplir una misión. "Cada vez que el Digimundo está en problemas, una nueva generación de Niños Elegidos llega para arreglarlo todo", les dice su nuevo amigo Bokomon. Todos se llevan una enorme sorpresa cuando descubren que no se trata de una nueva generación, sino de un equipo conformado por los integrantes de distintas dimensiones. Parecen conocerse, pero no tienen idea de quién es la persona que tienen al lado. Su misión es clara: reparar la brecha dimensional que ha causado tantos problemas en su mundo.
Todo esto se complica cuando descubren que no solo los Digidestinados de las ocho generaciones han llegado para salvar el mundo. Reparar la brecha dimensional se vuelve tremendamente dificil cuando llegan los antiguos enemigos de cada una de las generaciones. La maldad y la oscuridad de Clarisse Okada no tiene límites, así como su deseo de venganza.
Sólo el poder de la heredera del Valor, Kira Yagami, combinado con los poderes de una portadora del Geass, Nene Amano, puede detener los planes de la encarnación de la maldad. De esa siniestra chica con fríos ojos azules y cabellera rubia.
Nene consiguió sobrevivir a Britannia, ¿podrá Lelouch sobrevivir al Mundo Digital?
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