El Armagedón ha comenzado

Raiden pierde la cordura y atenta contra la Tierra y sus habitantes. Liu Kang está muerto y su cuerpo es usado por el dios para matar y destruir. La seguridad del reino está en manos de Fujin y Kung Lao, quienes unen fuerzas para intentar detenerlos. Por si fuera poco, Fujin se entera de algo que amenaza a todos los reinos y de un plan que los Dioses Antiguos traman en secreto.