En l'an interstellaire 2426, la nouvelle génération de soldats de la Fédération de l'univers secteur terrestre est engagé dans l'école de formation spatiale de Granderway, parmis les recrus Edge Prime; un terrien orphelin ayant vécut sous la tutelle d'une famille de Paces, une espèce similaire aux humains physiquement mais beaucoup plus avancé intellectuellement et idéalement. Celui-ci y rejoint les bancs de cette armée dans le but de se venger des assassins de ses parents 18ans plus tôt lors d'un raid sur la planète Terre.Mais son caractère réservé et obscur va le rendre convoité par certaines autres recrus radicalement obséder par la gloire de la Fédération ainsi que par certains de ses professeurs. Une longue et rude route attend Edge pour réussir à devenir chasseur stellaire et retrouver les assassins de ses parents à savoir : Les Metroids.