Segunda parte de The Legend of Zelda: Recovering the Origins.
Ha pasado tiempo desde el despertar de Demise, pero el maligno no ha vuelto a dar señales de vida, lo que hace a todo Hyrule entrar en un estado de falsa paz y tranquilidad.
Zelda, preocupada por la situación e incapaz de despertar los poderes de Hylia, invoca un portal para viajar al mundo divino y pedirle ayuda personalmente a la Diosa Blanca. De lo que no se percata, es que a esa magnífica puerta le faltan tres piezas y que, al intentar activarla, puede provocar una verdadera catástrofe.
Por otro lado, los cinco Links son enviados por el astuto Vaati a la Región de los Mares en un intento de deshacerse de ellos. Por mala suerte, Ghirahim termina también con ellos, viéndose obligado a ayudarles en sus aventuras. No obstante, la verdadera misión de éste es encontrar una cura para su moribundo amo, Shadow.
Green, por su parte, se da cuenta de que Fi lleva mucho tiempo sin aparecer y que White puede que no sea tan limpio como aparenta.
¿Serán capaces los héroes y Zelda de arreglar el portal y, así, salvar el reino? O, por el contrario, ¿triunfarán las fuerzas malignas y ahogarán a la luz en sombras?
"Basado en los diferentes videojuegos y mangas de The Legend of Zelda.ˮ
«¿Creeías que porque hablaban y se movían por su cuenta eran tus amigos? Son solo partes de ti. En realidad, siempre has estado solo, Link.»
«Ese portal es nuestra única esperanza. Lo construyeron divinidades y por esas puertas se fueron. Si conseguimos entrar, podremos salvar Hyrule. Si no, Demise acabará con todo.»