Kyōsuke Kōsaka, un estudiante de instituto normal y corriente de 17 años que vive en Chiba , no se ha llevado bien con su hermana menor Kirino desde hace años. Por más que intente recordar, Kirino siempre lo ha ignorado y mirado con rechazo. Parecía que la relación entre Kyōsuke y su hermana de 14 años continuaría así para siempre. Sin embargo, la que hasta ese momento había sido una vida pacifica y normal para Kyōsuke, termina, cuando encuentra una caratulá de DVD de un anime llamado Hoshikuzu Witch Meruru tirada en la entrada de su casa. Para la sorpresa de Kyōsuke, dentro de la caratulá se encontraba escondido un Eroge (videojuego para adultos) llamado ¡Amor con tu hermana menor!).