Atlandia es una región del mundo Pokémon situada cerca de Alola, pero a diferencia de esta, en Atlandia son comunes los días nublados, lluviosos y siempre un clima húmedo. A su vez, es una región en la que habitan Pokémon y entrenadores muy fuertes, por lo que es el lugar predilecto para los entrenadores que buscan hacerse más fuertes.
En uno de esos barcos en los que llegan extranjeros, llegan Zafiro, Crix y Max, tres jóvenes que, junto a Jesús (Un nativo de Atlandia) deberán averiguar que se traen entre manos las organizaciones malvadas de otros lugares del mundo, que se han reunido en Atlandia. Mientras se entrenan para ser los mejores entrenadores que habrán jamás, superando otros obstáculos y conociendo a otras personas como sus rivales Blue y DICKS...Esto...Gary... Y Lillie, una misteriosa chica que vive en el laboratorio del profesor y parece guardar un gran secreto...