Sora se embarca en busca de Aqua, aun perdida en la oscuridad, junto a Mickey y Riku. Mientras tanto, Kairi y Lea entrenarán el arte de la llave espada con la ayuda de Merlín. Continuacion de la historia del KH 2.8 Como dice el título es un mundo paralelo, por lo tanto no seguirá ni muchísimo menos la historia del último juego KH3.