Ryoko Otonashi es una estudiante que asiste a Hope's Peak Academy, una escuela privada de élite que solo acepta estudiantes "definitivos": lo mejor de lo mejor de lo mejor. Desafortunadamente, ella sufre de amnesia anterógrada y olvida las cosas apenas minutos después de que ocurren. Para funcionar en la vida cotidiana, Ryoko lleva consigo " cuadernos de memoria " llenos de información escrita por ella misma sobre los eventos y las personas de su pasado. Debido a su trastorno, Ryoko solo ha logrado conservar un recuerdo: el de su médico y (implícito) amigo de la infancia, el "Neurólogo de nivel de escuela superior" Yasuke Matsuda, quien estudia su amnesia con la esperanza de ayudarla a recuperarse. Desafortunadamente, una trama siniestra se está formando en las sombras de la Academia Peak de Hope. Alguien o algo está sentando las bases para un plan destinado a sumergir al mundo en una desesperación sin fin, un plan intrínsecamente vinculado a "El peor, el incidente más desesperante en la historia de la Academia de Hope's Peak". Como unos pocos estudiantes seleccionados intentan descubrir la verdad, se enfrentan no solo a la organización detrás del Incidente, sino a un encubrimiento por parte de los más altos funcionarios de la Academia Hope's Peak. En medio de esto está Ryoko, quien es arrastrada a la conspiración por fuerzas que están más allá de su comprensión o control. Tomo Uno