Un grupo de 15 estudiantes de secundaria sobresalientes en diferentes ámbitos son invitados a la Academia Hope #1, una preparatoria a la cual sólo asisten los mejores. Graduarse de esta institución significa éxito asegurado en la vida.
Después de ingresar a la escuela, los alumnos se ven atrapados ahí, con todas las salidas selladas, encerrados junto con el director, Zeno, un peluche que tomó las instalaciones. Él les da dos opciones:
1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de la Academia.
2) Salir "graduándose".
Para graduarse, un estudiante tiene que realizar un "Asesinato Perfecto", matando a uno de sus compañeros sin que lo descubran el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, será "castigado". Pero, si se sale con la suya, él quedará en libertad y el resto será "castigado".
(Basado en "Danganronpa", novela visual japonesa de misterio desarrollada y publicada por Spike Chunsoft).