En un mundo similar al nuestro, aunque casi ningún habitante sepa, existen personas denominadas "PK", quienes poseen poderosos y letales poderes psíquicos llamados "PSI". Debido a esto, son asesinados al nacer o sometidos a crueles experimentos.
Uno de estos seres, en un niño llamado Ness, el cual después de lograr escapar de un laboratorio, deberá sobrevivir al mundo que está conociendo, donde conocerá a amigos y enemigos, a la vez que deberá controlar su mente dividida en dos.
[Personajes propiedad de Nintendo y Shigesato Itoi] [AU de la saga "Mother"]