Sakura Haruno es una hacker informática, experta en robo de información y recolección de datos, que trabajaba para una organización paramilitar y antiterrorista clandestina del gobierno. Su trabajo le gusta, de verdad que si. Hasta que un día su jefe decidió reasignarla, viéndose obligada a abandonar su cómodo sitio tras una computadora para convertirse en un miembro activo en operaciones especiales, en nada más y nada menos que en la unidad de élite BIJUU. El líder del equipo, Naruto, estaba más que seguro en que una chica como ella no podría soportar el entrenamiento militar al que sería sometida a partir de ahora. Pero Sakura no era de las persona que se rendía fácilmente y eso Naruto lo aprendería por las malas.. al igual que aprendería por la malas que aquella química y tensión que habría entre ellos era más que una simples asperezas entre líder y aprendiz. Mientras tanto, una poderosa organización terrorista llamada Akatsuki, comienza a poner en marcha su plan en contra de la organización. Su objetivo; eliminar a todos los grupos de élite BIJUU y desmantelar la organización que por años ha interrumpido sus operaciones.