Con la muerte de Sasuke a manos de Kaguya, Naruto no tuvo más remedio que sellar al Progenitor de Chakra en sí mismo, el proceso de sellado salió mal y absorbió a Kaguya y al Shinju en su propio ser, alterando su cuerpo convirtiéndolo en un Dios inmortal. '. Su cuerpo, convertido en chakra puro, fue destruido y con el paso de los años se regeneró lentamente, pero ya era demasiado tarde; sus camaradas casi habían perecido bajo Mugen Tsukuyomi. La desesperación lo llenó y huyó regresando a su hogar ancestral de Uzi no Kuni convirtiéndose en un ermitaño durante miles de años