Thời Taisho năm thứ 100. Sau khi thủ đô cũ Tokyo bị tàn phá trong trận bão lớn Taisho , những mùa trôi qua và một thủ đô mới Okyo, đã hồi phục thần kỳ xung quanh cây anh đào thánh được gọi là "Senbonzakura". Tuy nhiên, sau thảm hoạ, các sự kiện bí ẩn và tệ nạn phát triển phổ biến hơn và Đội Đặc nhiệm Kami-Tsuki đứng ra để bảo vệ hòa bình ở thủ đô .Trong khi đó, vào một ngày mùa xuân, Miku đã đến xem hoa anh đào cùng gia đình. Khi tìm kiếm chị gái của mình, cô bị lạc và đi ngang qua một cây anh đào khổng lồ! Đột nhiên Miku thấy mình mặc quần áo quân sự và bị tấn công bởi một ninja! Và sau đó cô được giải cứu bởi Rin và Len- hai người tưởng chừng không thể xuất hiện tại nơi này, những người tự gọi mình là thành viên của đội đặc nhiệm Sakura Kami-Tsuki ...? Và Miku thì lại không phải "Miku" của thế giới này. Dẫu vậy, quang cảnh và con người, cùng với những ký ức cô ngỡ mình không có nhưng lại có, và chuyện ai cũng biết cô đã trải qua nhưng bản thân cô lại không nhớ, liệu có phải trùng hợp, hay là...