Homem excêntrico, de rara beleza, viaja do Rio de Janeiro ao lugarejo chamado Capela do Rio do Peixe, localizado na cidade de Pirenópolis, interior de Goiás, para participar da anual e tradicional Festa de Nossa Senhora de Sant'Anna. Nos primeiros contatos com alguns nativos, gente simples e religiosa, revela estranho desafio que fez a Sant'Anna. Quer que a santa se materialize e lhe desperte a fé perdida em algum momento de sua vida conturbada, marcada por traumas e decepções. Em contrapartida, ela será homenageada com a construção de uma catedral no vilarejo.
Recebido com costumeira hospitalidade por uns e desconfiança por outros, o corpo estranho passa, em pouco tempo, a interferir na rotina de pessoas dali, despertando reações que vão de paixão avassaladora ao ódio quase incontrolável. Num clima de festa popular, em cenário de exuberante natureza ao redor, a trama tem momentos de tensão crescente, combinados com elementos de sexo e violência. É também uma metáfora da batalha que se trava entre as sociedades tradicionais, com sua dinâmica social e cultura própria, que lutam para se sustentar frente ao assédio, nem sempre convencional, do moderno. Esse se expressa na arrogância, na indiferença ao diferente, e se apresenta na superficialidade da ostentação de luxo e riqueza.
"Corpo estranho" é, por assim dizer, um tributo à simplicidade do homem do campo, à sua fé, aos seus hábitos e valores.