Après avoir disparu deux ans Natsu fut considéré comme mort, mais une personne refuse de l'accepter. Lucy mère de deux enfants décide de les abandonner le cœur lourd les confiants à la guilde de Fairy Tail, elle part donc avec Happy à la recherche de l'homme qu'elle aime. Sur le chemin un secret bien caché va refaire surface, la véritable identité de plusieurs personnes va être révélée et le danger les concernant entraînera de nouveaux combats. Fairy tail devra encore une fois se trouver à la hauteur de la menace, s'ils échouent une espèce pourrait bien disparaître « les dragons » ainsi que le monde comme nous le connaissons.