Protagonista della storia è Clara Satou, una ragazza di soli 16 anni. Durante una mostra di animali di specie molto rara, viene colpita da un raggio misterioso che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA del Gatto dorato del Borneo. Dal quel momento Clara è in grado di trasformarsi in Mew Clara. I responsabili dell'accaduto sono un furetto parlante di nome Tarte e Ryan Shirogane, in quale la invitano a lavorare come cameriera nel loro locale, BAR TOKYO FRESH MEW MEW, usato anche come base segreta per il loro progetto segreto: Il progetto Fresh mew mew. Tarte e Ryan le spiegano che il regno del sottosuolo minaccia la terra e che solo la formazione di una squadra di 11 ragazze mancanti: The Bat ( Rouge Aizawa ), gentile e previdente ( Summer Aizawa sorella minore di
Rouge ), la timida ( Arisugawa Himari), l'esuberante ( Ichika Usami ), la famosa modella ( Pam Fujiwara ), la piccola Genius Pâtissière ( Ciel Kirahoshi ), intelligente e raffinata ( Yukari Kotozume ), solidale e sensibile ( Beatrix Hyoni ), dolce e riservata ( Luna Aono), consceziosa e generosa ( Safrin Midorikawa), calma e Serena ( Nicole Nakamura ) con questi poteri avranno la forza necessaria ad affrontare e combattere i nemici e riportare la pace sulla terra.