Despues De Finalizar Megaman 10, Wily Estaba Enfadado Y Queria Destruir A Megaman y a el Doctor Light,Para Ello Creo Una Maquina Para Viajar Al Futuro,Alli Encuentra Varios Reploids y Se Los Lleva, Con Esa Teconologia, Crea Varios Robot-Masters Nuevos, Con Tecnologia Mas Fuerte De Lo Normal.