Shirou Emiya es un sobreviviente del incendio de Fuyuki, e se ve involucrado en pelear en una guerra llamada Guerra del Santo Grial, este llega a sobrevivir hasta el último pero se ve obligado a luchar contra un sirviente que se proclama así mismo rey de los héroes, llamado Gilgamesh, Shirou pelea hasta lo último momento logrando lo imposible para un humano normal pero antes que Gilgamesh sea derrotado por Archer envuelve a shirou con sus cadenas llevándoselo con el, ahora Shirou tiene que sobrevivir y aprender el significado de lo que en verdad se puede llamar hogar.