Luego del fin de la guerra del Santo Grial en Fuyuki, Shirou decide ir con Rin a Inglaterra y convertirse en un mago, siendo su aprendiz. Pero una vez en la Torre del Reloj no puede olvidarse de su sueño de ser un héroe, pero teme seguir el camino de Archer. Pero sin darse cuenta que la batalla en Fuyuki sólo causó un desequilibrio, dejando libre a un poderoso enemigo. Ahora Shirou deberá enfrentar este desequilibrio junto a viejos amigos y nuevos mientras enfrenta su miedo de perderse a sí mismo.