Esta historia relata el modo campaña del mítico juego para la Nintendo 64 "Perfect Dark". En el año 2023, una joven agente secreta del Instituto Carrington (Joanna Dark) es enviada a los laboratorios de la multinacional dataDyne, competencia del Instituto, para rescatar a un científico llamado Dr. Caroll. Éste había puesto objeciones a unas acciones "moralmente dudosas" en las que estaba ocupada la compañía, y dataDyne estaba planeando "reestructurarlo mentalmente" para que encontrara ético el trabajo. El Dr. Caroll contactó con el instituto para que le ayudaran a escapar. Cuando Joanna logra acceder al complejo de laboratorios escondido bajo del rascacielos de dataDyne y encuentra al Doctor, descubre que éste en realidad es una máquina dotada de inteligencia artificial. Dos días después...