Cientos de años después del fin de la Era Oscura, las ocho repúblicas están viviendo bajo el auge del Neo Génesis, esperaban con ansias continuar con el desarrollo que se perdió a causa de la catástrofe ambiental que provocó la muerte de más de la mitad de la población mundial, pero los males que casi llevaron al ser humano a su extinción, persistieron y crearon sociedades llenas de desigualdad.
William Hannover, presunto heredero a la Cancillería de Columbia, es sacado a la fuerza de su nación, pues una serie de mutaciones está emergiendo en la población mundial, a causa de las grandes exposiciones a la radiación que sus antecesores tuvieron. Este descubre que posee una mutación llamada Oceanum, la cual tiene que controlar para poder regresar a su hogar, pero en el camino, descubre un macabro plan, que lo obligará a cambiar de planes para proteger no sólo a su nación, sino también a las demás.