W Ninjago City ponownie zapanował pokój. Mieszkańcy przestali żyć w strachu. Ninja natomiast wrócili do swoich codziennych obowiązków. Związek Jaya i Nyi rozkwita. Sielanka trwa jednak do pewnego momentu. Z pobliskiej wioski zaczynają roznosić się bowiem plotki o nagłym powrocie Garmadona. W innej zaś - w niewyjaśnionych okolicznościach zaczynają znikać mieszkańcy. Nad Ninjago City natomiast, pojawiły się ciemne chmury, wywołujące liczne katastrofy. Ninja starają się połączyć wydarzenia w jedną, spójną całość. Jay jako jedyny łączy je ze swoim snem. Nikt oprócz Nyi nie chce go jednak słuchać... Co gorsza... Czas nie jest ich przyjacielem... Przeznaczenia nie da się oszukać...