Selepas kehancuran Akademi, mereka telah membina sebuah Akademi yang baharu dan mempunyai sistem pertahanan yang lebih canggih dari yang sebelumnya. Tetapi, kekalahan Numeros telah menyebabkan sebuah organisasi rahsia yang bernama Shadow Union berasa tidak senang duduk dan mahu memberikan serangan balas terhadap apa yang telah M.A.T.A. lakukan pada Numeros iaitu sekutu mereka. Disclaimer: Ejen Ali ialah sebuah animasi Malaysia dari syarikat Wau Animation.