Dans un monde où règne la paix grâce à deux équipes qui ne savent rien l'une de l'autre, un fardeau va s'installer, rompant cette quiétude qui n'avait duré que trop longtemps.
Les X-Men, dirigés par Charles Xavier, protègent la Terre sans savoir que par-delà l'atmosphère terrestre des êtres aux pouvoirs exceptionnels veillaient sur le monde en retour; les Avengers.
Or, un jour, leurs chemins se rencontrent, et pas de la plus chaleureuse des façons...
James Barnes, l'ami de longue date de Captain America, est hypnotisé par une mystérieuse personne afin de tuer Magnéto, le fameux mutant dit "maléfique".
Mais cela ne se termine pas de la plus glorieuse des façons, ainsi deux membres de l'équipe des mutants se retrouvent kidnappés afin de leur soutirer des informations, et cela entraîne bon nombre de conséquences inattendues...
Entre folie, haine, bagarres et surprises, une question reste en suspens : Où cela mènera-t-il ?