Veinticinco años han pasado desde el fin de los Locust y Lambent. La humanidad sobrevive aún lejos de lo que solía ser el mundo debido al turbulento clima y sus Llamaradas. Lejos de la tranquilidad debido a una facción que se denomina "los Forasteros", que reniegan de la nueva Colación de Gobiernos Ordenados.
En esta nueva generación de jóvenes encontramos a los Davis, hijos de los famosos tenientes Chris y James Davis, quienes ahora están en el ejército y son miembros respetables de este. Cuentan con sus amigos y familiares y viven una vida normal hasta que un día se les da una orden que no quisieran ejecutar: traer vivo o muerto a James Dominic Fenix, hijo del famoso sargento y héroe de la humanidad, Marcus Fenix.
Pronto en su odisea, encuentran algo sin precedentes escondido en las zonas abandonadas del planeta. Está revelación dará inicio a una tormentosa travesía por encontrar a Fenix y compañía y descubrir la verdad detrás de esto.