La historia tiene lugar cuando un grupo de ladrones, perseguidos por el inspector Takagi y la inspectora Sato, sufre un accidente de coche. Uno de los ladrones mencionará dos palabras que intervendrán en la verdadera historia de la película: "Isla Koumi" y "Jolly Roger". Conan y la liga juvenil de detectives viajan a la Isla Koumi junto a TN, Kogoro, Ran, Sonoko y Agasa, tras haber conseguido resolver un crucigrama y haber ganado 300.000 yenes. Una vez allí, mientras que Ran y Sonoko hacen buceo y turismo por la isla, la Liga Juvenil de Detectives tendrá que ir resolviendo un juego, un mapa de un tesoro que les llevará a conocer una leyenda sobre dos mujeres piratas. Finalmente, la historia de esas dos mujeres piratas y su barco encallado en algún lugar de la isla, según la leyenda, se entrelazarán en un caso de asesinato entre un grupo de caza tesoros, que hará que TN se vea envuelta en un peligro que Conan deberá resolver. ¿Será cierta la leyenda y habrá un gran tesoro en la isla, o es solo una manera de patrocinar la isla? ¿Qué tienen que ver TN, Ran y Sonoko con la leyenda?