Conan dan anggota Detective Boys adalah anggota PSB (Public Sequrity Bureau) yang direkrut oleh Tooru Amuro (Rei Furuya), dua tahun setelah insiden yang menimpa mereka. Tidak lama setelah mereka memasuki jenjang SMU, mereka diperintahkan untuk pindah ke SMU U.A. Di saat yang sama, organisasi terlarang bernama Parasite yang seharusnya hancur 8 tahun lalu mulai muncul lagi untuk membuat kekacauan di kota. Organisasi ini gerak-geriknya agak sulit dilacak kepolisian, termasuk pro Hero. Bisakah Conan dan Detective Boys bekerja sama dengan semua kelas 1-A untuk menghentikan Parasite? ©Detective Conan by Gosho Aoyama ©Boku no Hero Academia by Kohei Horikoshi