Dans l'Académie Cross, étudiants humains et vampires cohabitent secrètement. En effet, il y a la « Day class », ou « classe de jour » et la « Night class », « classe de nuit », permettant que ceux-ci ne soient pas en contact. Yūki, avec l'énigmatique Zero, doivent s'assurer que cette cohabitation reste pacifique et préserver le secret. La jeune fille souhaite un futur dans lequel Hommes et Vampires puissent coexister sans se combattre. Une conviction dictée aussi par les sentiments qu'elle éprouve pour le noble Kaname, le chef charismatique des vampires du lycée, un sang-pur. Un garçon qui, il y a 10 ans, lui a sauvé la vie.
Après un énième déménagement mouvementé, les Sakamaki emménagent dans une nouvelle ville tranquille et assez isolé du reste du monde. Un endroit parfait pour les vampires ! Ils vont pouvoir se nourrir de toutes les filles de leurs nouveaux lycée sans attirer l'attention sur eux !
Mais lors de leur premier jour, ils font la rencontre d'une fille bien étrange qui va intriguer plus d'un frère...