Perang dunia ke IV telah usai, banyak ninja hebat sekaligus sahabat dan cinta dari seorang kunoichi pink gugur dalam perang tersebut. Setelah waktu berlalu, akhirnya ia dapat kembali bangkit dari keterpurukan. Disamping itu, beberapa anggota akatsuki yang tersisa masih mempertahankan organisasi tersebut dg merekrut beberapa ninja untuk dijadikan anggota baru mereka, dan salah satu tujuan mereka saat ini adalah membawa Sakura Haruno ke markas mereka. Apakah yang akatsuki rencanakan hingga menginginkan seorang kunoichi medis Konoha tersebut !!!