Trường học Pokemon

Trường học Pokemon nổi tiếng với chương trình huấn luyện pokemon, các trang thiết bị hiện đại. Pokemon có thể ra khỏi Pokeball, tự do đi lại trong trường.
Các học viên có thể thách đấu với nhau, hoặc tự luyện tập trong Khu vực Sân thi đấu
Satoshi là một trong những học viên ở đây, cậu kết bạn cùng với Kasumi, Haruka, Shu, Takeshi, Gladion, Lilies và N, trợ giảng của các giảng viên
Hikari Fuyushi và Yukiko Nishizawa là đôi bạn thân của nhau, và cũng là học sinh mới của trường học Pokemon. Cả hai nổi tiếng nhanh chóng vì ngoại hình xinh đẹp của mình.
Nhưng có ai ngờ rằng, mới chỉ ngày đầu tiên mà Yukiko và Hikari bị thương vì sự xuất hiện sau nhiều năm mất tích của nhóm Plasma. Cả nhóm Rocket cũng tham gia vào chuyện này
Nhưng điều bất ngờ nhất chính là Zekrom đã hiện diện sau nhiều năm ẩn mình, Reshiram cũng tái xuất giang hồ, và cả một Pokemon bí ẩn
Bộ ba huyền thoại đã xuất hiện là điềm ứng gì ? Sự xuất hiện của hai cô gái và bộ ba Pokemon huyền thoại có liên quan đến nhau hay không ? Nhóm Plasma và Rocket có âm mưu gì sau nhiều năm mất tích bí ẩn ? Và hai cô gái mới này thật sự là ai ?