U.C.105, Doce años después de la Segunda Guerra de Neo Zeon, la Federación de la Tierra acepta la República de Zeon de nuevo en el pliegue. Sin embargo, en los próximos años, la codicia y desconfianza de la Federación de Spacenoids los llevan a formar unidades "Cazadores de hombres" para deportar con fuerza a los civiles desfavorecidos o indeseables en todo el mundo a las colonias espaciales. Una organización terrorista llamada Mufti está dirigida por el hijo de Noah, Hathaway Noah. Hathaway, quien ahora pasa por el nombre Mufti Nabue Erin, todavía está perseguido por sus acciones pasadas y la muerte de Quess Paraya y reflexionando sobre las acciones y creencias de Char y Amuro. Comenzando sus acciones terroristas contra la Federación y sus altos funcionarios como un acto de venganza, utilizando la nueva unidad prototipo, el RX-105 Ξ Gundam. En respuesta, Kenneth Sleg de la Federación Tierra Fuerzas Espaciales ensamblan la Unidad de Circe, dirigida por el objetivo del carril pilotando el Penélope RX-104FF para detener a Mufti.
Cuando Jana, una talentosa y apasionada arqueóloga, es elegida para un proyecto de exploración por el gobierno, no imagina que esta misión cambiará su vida para siempre cuando conoce al comandante Maximilian Hofmann; el prometido de la mejor amiga de Jana, por más que intenten evitarlo la atracción se vuelve cada vez más insoportable entre ellos, mientras se embarcan en una peligrosa expedición que los hará vivir una aventura llena de mentiras, secretos y erotismo. ¿Logrará Jana evitar mezclar sus sentimientos y su deseo?