3 Sahabat yang sejak lama bersama akhirnya harus berpisah. Boruto, Mitsuki, dan Sarada adalah sahabat dari kecil hingga suatu hari Mitsuki hilang tanpa kejelasan. Boruto dan Sarada sudah berusaha mencari informasi akan tetapi hasilnya nihil karena orangtua Mitsuki yaitu Orucimaru tidak mengatakan penjelasan kenapa Mitsuki pergi. Setelah kejadian itu persahabatan mereka menjadi hancur. Boruto dan Sarada sepakat jika bertemu dimanapun seperti sekolah maupun lainnya harus bersikap tidak kenal. Suatu hari disekolah mereka yaitu School Akademi Konoha kedatangan murid misterius yang merupakan pindahan dari kota lain. Secara mengejutkan murid misterius itu adalah Mitsuki. Kenapa Mitsuki pergi? Dimanakah dia selama ini? Akankah ada kejelasan? Apakah persahabatan mereka kembali?