Em pouco tempo, havia se alastrado em Tóquio um surto de desaparecidos, tráfico de drogas e o aumento de número de habitantes clandestinos na zona periférica da capital de Tóquio. Há rumores sobre uma organização criminosa chamada Akatsuki, os possíveis responsáveis por esses ocorridos. Uzumaki Naruto, um dos policiais investigativos da tropa de Uchiha Sasuke, o delegado Federal, são notificados para resolver o caso. Então, começa a investigação contra a Haruno Sakura, uma misteriosa garota de cabelos rosados.