Una historia que ocurre luego de Megaman Starforce 3. (En este universo no ocurrió la historia de Megaman Battle Network: Operation Shooting Star) Años después de la pelea de Geo Stelar contra Crimson Dragon, el planeta ha prosperado con el desarollo de nuevas tecnologías. Sin embargo, una misteriosa energía junto con la masiva aparición de nuevos villanos pone en peligro el mundo. Viejos y nuevos personajes deberán luchar para restaurar la paz y detener a la gran amenaza sobre ellos.
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