Após 16 anos vivendo no Japão, os irmãos Hamato voltam para sua cidade de nascença: Nova York. Agora estudando na mesma escola que sua amiga, April, os meninos terão que, além de se preocupar com o líder da máfia japonesa, Oroku Saki,os caçando; de viverem como adolescentes normais, com provas e trabalhos para encherem suas cabeças.
O que eles não sabem é que Oroku Saki descobriu que eles voltaram a cidade onde tudo começou e vai fazer de tudo para destruir a família Hamato, fazendo Yoshi e seus filhos pagarem por um erro do passado. E ele pode estar mais perto do que imaginam.
Os garotos vão descobrir em amizades, romances, brigas e muito estresse o preço de serem jovens, ao mesmo tempo em que a vida de ninja lhes cobra o preço de serem justiceiros nas sombras.
Emma, aos 10 anos de idade, nutre sentimentos pelo filho da melhor amiga de sua mãe. Porém, o mesmo a rejeita na época, por considera-la uma irmã.
Eles crescem no meio de muitas brigas e confusões, até que Emma começa a sair e conhecer outros garotos, causando frustação em Dylan.