Ya habían pasado muchos años desde que la humanidad habia quedado extinta por culpa de las maquinas asesinas enviadas por seres desconocidos, los únicos sobrevivientes fueron los androides YorHa que se encontraban en la base lunar creada para protegerse de las maquinas alienigenas. Todo estaba bajo control hasta la llegada de una maquina con un poder excepcional, esta maquina aniquilo a todo y a todos los androides de la resistencia que quedaron en la tierra y su próximo objetivo seria destruir la base lunar de los YorHa, los mismos se quedaron sin alternativas ya que todas sus unidades murieron en combate... Sin embargo tenían que usar su ultima esperanza, la cual era el ultimo soldado humano que se encontraba criogenizado en la base lunar; este humano no era un humano cualquiera pues tenia unas habilidades capaces de acabar con las maquinas siempre y cuando las fortaleciera y desarrollara a su máximo potencial, para eso es mandado al pasado para hacerse mas fuerte y esperar a su batalla contra la gran maquina... No obstante se encuentra con una androide YorHa con la cual vive y enfrentas distintas adversidades durante su misión. Aquí comienza tu historia, la historia del soldado (T/N).