Basicamente, a trama de Fatal Frame III envolve a fotógrafa Rei Kurosawa e seu noivo Yuu Asou. Durante uma viagem, Rei colide o veículo que dirigia e acaba ocasionando a morte de Yuu. Após este evento, a protagonista do game se sente traumatizada e mal sai de casa. Sua amiga e assistente Miku é responsável por realizar as tarefas que exigem contato com o mundo exterior, como fazer compras, por exemplo.
Entretanto, em um de seus trabalhos, Rei deve tirar fotos de uma mansão supostamente mal assombrada. Tudo ocorre bem, até que a fotógrafa nota uma silhueta com formato semelhante à de seu falecido noivo. Obviamente, Rei vai atrás da aparição, e aciona um evento repleto de pesadelos enquanto busca seu amado.
Ao decorrer desta jornada, Rei também encontra misteriosos fantasmas, como uma mulher coberta de tatuagens azuis, e começa a ter alucinações referentes a um misterioso ritual realizado no local. Felizmente, Rei acorda deste sonho, mas muitos vestígios a acompanham, fazendo com que a protagonista realize pesquisas para desvendar o mistério.
Para cumprir as expectativas de seu pai e assumir um novo cargo em negócios da família em uma cidade desconhecida, Hinata Hyuga decide recomeçar. Mas, quando as pressões sociais e familiares se intensificam, Hinata se vê em uma situação delicada: ela precisa de um namorado de fachada para manter as aparências e proteger sua imagem profissional.
É então que ela conhece Naruto Uzumaki, o carismático e enigmático barman de um dos pubs locais. Após algumas tentativas Naruto aceita a proposta de Hinata. E o que começa como um acordo de conveniência logo se transforma em uma teia complexa de segredos e sentimentos inesperados.
Entre encontros calculados e momentos que revelam uma atração inegável, a linha entre a mentira e a verdade se dissolve. Conforme a paixão os une, Hinata e Naruto descobrem que o "alibi" que criaram para o mundo exterior pode ser a base para um amor mais real do que qualquer um deles jamais sonhou. Mas as sombras do passado e os fantasmas pessoais ameaçam expor a farsa, forçando-os a lutar pelo futuro que estão construindo, um dia de cada vez, na promessa de um "novo amanhecer"