Com o trágico desfecho da Saga da Amazônia, Tritão finalmente descobriu que Athena está viva e que ela é Saori Kido, a herdeira da Fundação Graad. Após o ataque de uma onda gigante no Japão e o envio de assassinos para matá-la no Coliseu, Saori e seus seguidores fogem para a Grécia, onde foi erguido o Santuário Secreto de Athena. O novo Grande Mestre do Santuário envia Seiya e os outros para uma missão na decaída Torre de Babel, onde estão escondidas as 12 Armas Sagradas, que foram forjadas pelos muvianos antes da destruição do Continente Mu. Apenas com as armas, Athena poderá restaurar seus poderes, mas para isso, eles deverão enfrentar os Comandantes Marinas enviados por Tritão! Enquanto isso, Kanon e Shina concluem seu ambicioso plano para destituir Tritão e dominar Atlântida!
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