Notre monde et celui-ci de Yu-gi-oh sont connectés par une porte inter-dimensionnelle dont l'entrée est scellée. Nul ne peut franchir cette barrière sans en payer le prix : la mort. Toutefois certaines entités échappent à cette règle ce qui va causer la perte des deux mondes. Atteint d'une malédiction mortelle qui risque d'effacer son existence, YUKI Jûdai se rend dans le monde réel pour demander l'aide de Gwendoline, une jeune fille qui semble posséder un pouvoir mystérieux. Ainsi que de MUTO Yûgi pour préserver la lumière des Soldats de l'Ombre qui cherchent à la détruire. S'ensuit alors une aventure pour briser la malédiction de Jûdai avant la fin du compte à rebours et de vaincre les Soldats de l'Ombre.
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