1 an après la fin de la Team Rocket, la chasse à l'organisation est toujours en cours. Parallèlement, un jeune surdoué parmi les dresseurs décide de quitter sa ville natale afin d'explorer le monde Pokémon. Sa rencontre avec un jeune délinquant aux cheveux rouges va-t-elle changer sa vie à tout jamais ? Et quel sera l'impact sur son destin des agissements de l'odieuse Team Rocket ? Il n'y a qu'un seul moyen de le savoir...
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