Jagi Boyka es un Yokai que después de escapar de su pueblo en Siberia, tras la persecución y asesinato de su familia debido que habían sido descubiertos por los humanos, que ellos eran unos monstruos. Jagi logro escapar y gracias a su tío logra migrar hacia Japón y entrar en la Academia Yokai, una escuela que prepara a los monstruos para convivir con los humanos. Jagi hay se encontrara con Tsukune, Moka, Mizore, Kurumu, Yukari, Ruby donde ambos pasaran por las desventuras que es vivir en dicha academia y sobretodo intentar superar su odio hacia los humanos.