Todo comienza con el final de Command Mission despues de derrotar a Epsilon Sigma encuentra una máquina extraña en un laboratorio abandonado que requiere el uso de los Metal-Force y también un proyecto de Wily en una capsula con una B tras abrirlo este lo ayuda y idean un plan que es secuestrar a cierta operadora lo cual hace enojar a X y este al ver lo que hace Sigma lo sigue. Al llegar a el laboratorio se enfrenta con el proyecto conocido como Bass y lo derrota con esfuerzo luego a Sigma pero este con sus pocas fuerzas activa la máquina que crea un agujero negro y se traga a X y Alia para llevarlos a un nuevo mundo donde tienen nuevas aventuras ellos dos.
7 parts