Lyoko Kodu Kadic Orta Okulu'na kayıtlı beş yatılı okul öğrencisiyle ilgilidir; Aelita (Aelita Schaeffer), Jeremy Belpois, Odd Della Robbia, Ulrich Stern ve Yumi Ishiyama. Öğrenciler XANA adındaki ölümcül bir çoklu casus sistemiyle savaşmaya sanal evren Lyoko'ya giderler. Bu sanal evren okulun yanındaki terkedilmiş bir Fabrika'nın bodrum katında bulunan bir süper bilgisayara dayanmaktadır. XANA önce elektrikli aygıtlarla daha sonra gittikçe güçlenerek çeşitli yollarla insanlara saldırmaya başlamıştır. Kahramanlarımız Lyoko'ya gidip XANA'nın saldırısını durdurmak için yetkili olan Aelita'yı korur ve kuleye ulaşmasını sağlarlar. Fakat XANA sanal evren Lyoko'da da çeşitli canavarlar yaratarak kahramanlarımızı durdurmaya çalışır.