Lo que parecía ser un mundo pacífico y unido se estaba pudriendo poco a poco, los crímenes habían ido a un nivel superior a sólo robar pokemon, además de la corrupción de los sistemas de gobierno de algunas regiones, por lo que se formó una fuerza armada especial para contrarrestar dicho mal, y Ash Ketchum tiene que afrontar un mundo que era desconocido para él.